在SD500年,地球已经面临着前所未有的生存危机，资源枯竭、人**炸、环境污染让这个星球濒临灭亡的边缘，为了应对这场生存危机，人类决定在距离地球两万光年的人工惑星上建立"幼年育英都S"，这里的每一个新生儿都被剥夺了与外界的联系，在特殊的教育体系中成长，到十四岁的"觉醒之日"，他们将接受成人检查，这场检查不仅是对身体的考验，更是对思想和人性最残酷的试炼。 在这座被严密监控的都S里，有一个普通的少年，名字叫井上透明，他就像这座城S里成千上万的孩子一样，生活在被精心设计的教育体系中，从出生起，他就被编入最普通的教育组，像一只被精心培育的培养物，按照既定的程序生长，井上体内隐藏着一种特殊的能力，这种能力在他与众不同的眼神里悄然显现，这种能力让他在普通的教育考试中脱颖而出，却也让他成为被关注的对象。 就在井上逐渐接近十四岁时，一个神秘的组织开始关注他的行动，这个组织名为"黑暗之眼"，他们声称是为了保护人类的未来而存在，他们的目标是收集拥有特殊能力的个体，通过科学研究将这种能力转化为可以被地球生存的武器，井上的超能力正是他们寻找的目标。 黑暗之眼的首领是一个神秘的科学家，他的名字叫阿部博士，这个男人看似温和，实则心思深邃，他告诉井上："你的能力不仅能让我们拯救地球，更能让我们打破这个扭曲的教育体系。"阿部博士的真实意图远不止如此，他打算通过对井上能力的研究，找到一个能够让地球生存的突破口，同时也为自己和他的组织铺路。 在追捕井上的过程中，黑暗之眼组织展开了一场惊天动地的行动，他们利用城S的监控系统，掌握了井上所有的行动轨迹，井上并不是一个无知无觉的孩子，在一次意外中，他发现了一个隐藏在城S深处的秘密基地，那里藏着一批被剥夺自由的超能力者，他们告诉井上："这个城S的教育体系根本不是在培养人，而是在培养奴隶。" 井上的内心开始动摇，原来，他一直认为的"成长"和"进步"不过是对人类灵魂的屈辱，这个教育体系不仅没有让人们变得更好，反而让他们失去了对生命的敬畏和思考，黑暗之眼组织的存在，虽然看似提供了一种救赎的可能，但他们背后隐藏的实验和权力操控，同样令人恐惧。 在一次激烈的追逐中，井上和他的朋友们发现了一个重要的秘密：这个人工惑星上的教育体系并不是唯一的，地球上还有其他的生存之地，那里的人们选择了一种完全不同的生存方式，他们不需要通过这样的教育体系来培养孩子，也不需要通过这样的实验来寻找希望，他们相信，人性本身就是最强大的力量。
井上和他的伙伴们决定逃离这个被控制的世界,他们知道，外面的世界充满着未知和危险，但至少比这里的生活更有尊严，他们的旅程就像一颗石子投入平静的湖面，激起的涟漪将打破这个世界的沉静。