这趟K561次普通列车于12:00从阜阳始发车站发出，途经多个沿途车站，12:35到达阜南站，12:38准时发出发车，继续前行，12:57抵达淮滨站，13:00再次启程，13:38进入潢川站，13:41准时发出发车，14:55到达麻城站，14:59再次启程，行车速度稳定，最终15:52抵达黄州站，15:54发出发车，18:15到达九江站，18:22再次启程，23:40抵达吉安站，23:48发出发车，次日2:13到达赣州站，2:19发出发车，5:47抵达龙川站，5:53发出发车，6:48到达河源站，6:51发出发车，7:44抵达惠州站，7:48发出发车，8:33到达东莞东站，8:41发出发车，9:22到达终点站深圳站。 相比之下，G561次高速列车则采用更快的行车速度和更优化的车次安排，16:53从北京西站发出发车，17:34到达保定东站，行驶里程139公里，18:12抵达石家庄站，行驶里程281公里，18:45到达邢台东站，行驶里程403公里，19:04抵达邯郸东站，行驶里程456公里，19:23到达安阳东站，行驶里程516公里，19:51抵达新乡东站，行驶里程626公里，20:14到达终点站郑州东站,行驶里程693公里。
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