组:跟随查询访问的心境，暗中组织逐步现形，公道柔宇发现组织的浩浩荡荡，由国际刑警组织插手离开。在日本警方及柯南的合作下，他几次阻止其活动，并暗中组织地决定进行抨击。
暗中组织组织突袭阿加莎博士家，抓获少年侦查团，并留下供图新一单独前去营救的标志。在暗中组织的总部，Gin发现了哀切的身份，并威胁用少年调查团的生命制造缩小药的解药。
已经开始沈元念的哀伤在一天之内制造解药和假四环，巧妙地把胖子的毒药换成假四环。Gin公然接受解药后命令胖子杀死阿甲及少年师团。。。
柯南敏捷地揭开了谜团，跑到暗中组织的总部，一切都对兰可见。在兰要求下，高老和警方苦心不断，高老在睡梦中突发灵感揭开谜题。
暗地里在总部组织boss大见的，毕竟是日本内阁大臣。大伊努多出隐组织的奥秘:在广仁天皇临末前留下写有暗中如此的血书。内阁认为天皇暗中组织的遗嘱应该成立。这使得一个默默无闻的组织从政府那里，黑暗挺身而出，屹立不倒。数十年后，组织一直没有真正揭示出血书的意义。
Gin在哀福下解药后，告诉胖子释放孩子。心疼被老大哥收场的胖子，突然珍被枪击倒地。诚实的Gin提出，揭露之前的他是基德假装的。
大犬此时说基德的父亲其实是组织的特工，然后杀死一个偷盗工，然后用组织的动作来取球，来到国外强行杀死那个大公。
Cris(女教师)衍生出柯南是新一的奥秘，并交给柯南血书，要求解药诱惑解药，解开血书之谜，缩药。
柯南本因天皇死前写下的忏悔和日本将来的担忧，解开了血书之谜。站稳脚跟时留在原地
兰赶到现场，正着手让Gin给柯南留下遗言。柯南在兰多出本相和除名后，Gin开枪，兰代替柯南抵挡枪弹。对此，哀恸震动了。
柯南马在紧要关头用麻芝麻枪射杀了Gin，和胖子一起被屠杀从楼上摔了下来。
Gin对药物具有很强的抵抗性，他竟然被唤醒，在击毙大犬后试图杀死柯南。还有非常感谢科尔圭的克里斯下手，两人都受了重伤。
在公道柔宇上，高老和目组等人赶到后，高老与组织老幺抗衡，表现得十分勇猛。
在世人的围攻下，Gin道出本身的野心和本身作为天皇，胡打杀掉了美国休闲者Gino的私生子的奥秘。
克里斯说，这时本身就是美国插在组织的间谍，本来美国也想控制组织。
基德离开后，人们突然把兰和哀曲送到了医院，古怪的哀恸又回到了小孩子身上。暗地里组织侦查，解约只剩一个。孩子被诊断出脑震荡后醒来后，只记得世界的名字，其他遗忘的乾清.兰仍然不省人事，医生说，如果长时间昏迷，他可能会成为动物人。
胜负正见柯南重焕新意唤醒兰，柯南无奈如斯。而柯南在变身时被布米看到。
深夜富美来到病房偷吻神日后离格，广言和元太约定守旧神日的奥秘。兰末在新一的精心管理下恢复。那次事件使得人们都成了名人，兰不太适应。吴要求新一及兰走前去美国读大学。
费想回到毛利去美国。而毛利则以英勇的表现被回京局聘为重案组组长，此时毛利早已知道柯南是新一，不刻意说的本相。
太阳落山时，新一看到悲切和少年调查团高兴的游戏，就颇感欣慰。在机场，世人只需欢迎新一和兰离，凄婉地转身，对着本身和柯南的照片流泪。
下面的那个不知道是否属实。
还没有结束。
还在连载，结局还没有决定